|
|
Methylace virových RNA
Šimonová, Anna ; Macíčková Cahová, Hana (vedoucí práce) ; Sýkora, David (oponent) ; Elleder, Daniel (oponent)
Viry svým působením zasáhly vývoj všech organizmů. Mají jednoduchou vnitřní organizaci a obsahují menší množství, většinou dobře popsaných RNA. V případě (+)ssRNA virů slouží genomová RNA rovněž jako mRNA. Díky tomu se viry jeví jako ideální modelový systém pro získání informací o nových RNA modifikacích a zároveň k pochopení funkce modifikací již popsaných. V této práci byl jako modelový systém použit zástupce retrovirů, virus lidské imunitní nedostatečnosti typ 1 (HIV-1). V další studii byli testováni čtyři zástupci pikornavirů pro popis methylačního spektra. Pro získání informace o RNA methylacích byla použita kombinace dvou technik, kapalinové chromatografie s hmotnostní detekcí (LC-MS) a sekvenačních technik. Výsledky LC-MS analýzy odhalily velké množství 1-methyladenosinu (m1 A) v RNA izolované z HIV-1. Mapovací technika vytvořená pro m1 A pak potvrdila přítomnost methylace pouze v přibalených tRNA. Tento výsledek následně vedl k přepočítaní RNA složení virové partikule HIV-1. V případě pikornavirů odhalila LC-MS m1 A pouze u dvou hmyzích virů (virus pytlíčkovitého plodu, SBV a virus deformovaných křídel, DWV). Stejně tak byla potvrzena i přítomnost 5-methylcytidinu (m5 C). Následné sekvenační techniky (m1 A mapování a bisulfitové sekvenování) potvrdily přítomnost m1 A a m5 C pouze v tRNA....
|
|
| |
|
| |
|
|
tsRNA - biogeneze, regulace a funkce v genové expresi
Ramanava, Marharyta ; Mašek, Tomáš (vedoucí práce) ; Fryaufová, Petra (oponent)
Transferová RNA (tRNA) tvoří přibližně 10 % celkové buněčné RNA a hraje klíčovou roli při translaci. V této práci se zaměřuji na alternativní funkci tRNA, která může sloužit jako prekurzor pro tvorbu tzv. "malých RNA odvozených z tRNA" (tsRNA). Tyto malé nekódující RNA jsou primárně vytvářeny štěpením tRNA ribonukleázami Angiogeninem a Dicerem. tRF ("tRNA-derived fragments") a tiRNA ("stress-induced RNA-derived RNAs") jsou dvě hlavní třídy, které se liší polohou místa štěpení v rodičovské tRNA a délkou. Některé tsRNA působí jako regulátory posttranskripční genové exprese, mohou ovlivňovat stabilitu mRNA a iniciaci translace. tsRNA se podílejí na regulaci stresové odpovědi, buněčné diferenciace, vývoje a apoptózy. Dále existují důkazy, že hrají roli v epigenetických procesech, komunikaci mezi orgány nebo dokonce mezi organizmy. Navíc, u lidí je jejich zastoupení závislé na buněčném typu a jeho změna v patofyziologických podmínkách činí z tsRNA vhodný diagnostický marker. Tato práce shrnuje současné poznatky o biologické funkci a významu tsRNA. Klíčová slova: malé RNA odvozené z tRNA; tRNA; tiRNA; tRF; regulace genové exprese
|
|
|
Syntéza proteinů obsahujících nekanonické aminokyseliny
Knetl, Adam ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
0 Abstrakt: Nekanonické aminokyseliny umožňují vkládat nové chemické vlastnosti do proteinů, což je užitečné jak pro zkoumání stávajících proteinů, tak i pro design proteinů nových. Syntéza proteinů obsahujících nekanonické aminokyseliny se setkává s problémy efektivity translace. Tato práce se zabývá rolí genetického kódu pro kódování nekanonických aminokyselin, proteosyntézou a aminoacylací tRNA a konečně samotnými nekanonickými aminokyselinami a jejich využitím v proteinech včetně příkladů.
|
|
|
RNA biology of symbiotic bacteria in insects
MACHOVÁ, Kamila
Nekódující RNA (ncRNA) představují d uležitou část bakteriálních genomů. Přesto se ncRNA endosymbiotických bakterií hmyzu dosud zabývalo pouze několik studií s omezeným počtem vzorků. Tato práce představuje in silico analýzu ncRNA a jejich modifikací pro široké spektrum linií endosymbiontů (63 linií patřících do 27 rod u). Za nejd uležitější přínosy práce považuji následující poznatky i) geny kódující modifikační enzymy konzervované v jednotlivých bakteriálních liniích se do zančné míry liší, ii) většina míst tRNA a rRNA modifikací je konzervována bez ohledu na to, jestli je příslušný gen pro modifikační enzym konzervován nebo ne, iii) některé linie endosymbiontů nekódují plný set tRNA. Naše data navrhují, že je translace endosymbiontů ve srovnání s jejich volně žijícími příbuznými mnohem méně efektivní a že někteří symbionti potřebují na translaci spolupracovat se svými kosymbionty nebo dokonce hostiteli.
|
|
|
Molekulární analýza mitochondriálního genomu \kur{Diuraphis noxia} (Aphididae)
CHUNDELOVÁ, Daniela
Byl osekvenován celý mitochondriální genom Diuraphis noxia, v něm bylo identifikováno 13 genů kódujících proteiny, 2rRNA, 19tRNA a 2 nekódující oblasti. Pořadí všech genů, rRNA i tRNA je shodné se zjištěným pořadím genů v mt genomech příbuzných druhů. Analýzou nukleotidové variability byly vybrány variabilní lokusy a úseky vhodné jako markery pro studium genetiky populací, ovšem bude nutno napřed vyloučit působení selekce nebo efektu zakladatele.Na základě fylogenetické analýzy kódujících oblastí a rRNA bylo potvrzeno zařazení D. noxia do čeledi Aphididae.
|
|
| |
host ::
RSS.